Algorithmes de phasage de polyploïdes et leurs applications
Omar Abou Saada · HAL (Le Centre pour la Communication Scientifique Directe) · 2021
La polyploïdie est répandue dans le monde vivant mais reste peu explorée. Nous avons développé nPhase, une méthode de phasage ploïdie agnostique basée sur l'alignement que nous avons ensuite appliqué à deux populations de levures. Saccharomyces cerevisiae est une levure utilisée pour brasser de la bière depuis des milliers d'années. Ces levures de bière sont polyphylétiques, avec différentes sous-populations domestiquées de ploïdie et de diversité génétique variables. Nous avons séquencé et phasé 35 souches de bière et identifié trois sous-populations principales. Brettanomyces bruxellensis est une levure permettant de brasser des bières belges de spécialité, le kombucha et est un contaminant du vin. Nous avons séquencé et phasé 71 souches et identifié plusieurs trajectoires de polyploïdisation distinctes et indépendantes, mettant en évidence des événements d'auto- et d'allo-polyploïdisation. Nos travaux ont permis de mieux étudier ces populations polyploïdes.