Draft genomes comparison with succinct de Bruijn graphs
Lucas P. Ramos · 2022
As melhorias contínuas em tecnologias de sequenciamento de DNA aumentaram a disponibilidade de genomas sequenciados.No entanto, devido às dificuldades para montar completamente um genoma, obtendo uma única cadeia para cada cromossomo, muitos genomas têm montagens incompletas (draft), em que cada cromossomo é representado por um conjunto de cadeias com informação parcial sobre a ordem relativa entre elas.Abordagens livres de alinhamento foram propostas recentemente para construir filogenias a partir da comparação de montagens draft de genomas, extraindo caminhos em grafos de de Bruijn.Neste trabalho investigamos métodos eficientes para comparar genomas incompletos por meio da comparação direta de grafos de de Bruijn coloridos representados de maneira sucinta usando a representação BOSS utilizando medidas baseadas na distribuição de similaridade de Burrows-Wheeler (BWSD).Nós propomos o algoritmo gcBB, este recebe um conjunto de genomas (em que cada genoma é representado por um conjunto de fragmentos) e sua saída são duas matrizes de distância derivadas da BWSD.Nós realizamos experimentos com conjuntos de genomas de Drosophilas e Vibrios, comparando as filogenias obtidas pelo gcBB com filogenias de referência.