A local-optimization refinement algorithm in single particle analysis for macromolecular complex with multiple rigid modules
Hong, Shan Shan, Zihao, wang, Zhang, Yong, Xiong Xiong, Chang-Cheng, Yin Yin, Sun · 蛋白质与细胞：英文版 · 2016
ABSTRACTSingle 粒子分析，能从千被认为是信号的一般水准或弄平百万粒子设计，是一个有效方法学习生物大分子的三维的结构。在单个粒子分析的一个内在的假设是所有分析粒子必须有相同作文和符合构造。因此，在作文或符合构造的标本异质为高分辨率的分析提起了大挑战。为有多重符合构造的粒子，不精密的排列和取向参数愿望与减少的分辨率和涂的密度产出一张平均地图。除广泛的分类途径以外，这里在平衡附近基于 macromolecular 建筑群由取向和位置在其亲戚的多重僵硬模块组成的假设轻视变化，我们建议一个新方法作为本地优化精炼打电话到地址为一个改进决定的这 conformational 异质。关键想法是优化每个僵硬模块的取向和移动参数然后重建他们的三维的结构个别地。用有相对变化在之间的 80S/70S 核糖体的模仿的数据大(60S/50S ) 并且小(40S/30S ) 子单元，我们测试了这个算法并且发现两个子单元的分辨率显著地被改进。我们的方法为 macromolecular 建筑群的高分辨率的单个粒子分析向一个 proof-of-principle 答案提供动态符合构造。