Free energy calculation of single molecular interaction using Jarzynski＇s identity method： the case of HIV-1 protease inhibitor system
Dechang, LI ., Baohua, Ji · 力学学报：英文版 · 2012
Jarzynski 身份(JI ) 方法被建议为重建的一个有希望的工具在数字模拟和实验的 biomolecular 相互作用的免费精力风景。然而， JI 方法很好还没在象 ligand 受体那样的复杂系统被测试了分子的对。在这份报纸，我们使用了驾驶分子的动力学(SMD ) 的一个巨大的数字分裂的模拟人的免疫不全类型的朊酶我病毒(HIV-1 朊酶) 和它的禁止者。我们证明因为 ligand 受体系统的内在的复杂性，精力障碍由 JI 预言在高拉率的方法比试验性的结果高得多。然而，与更慢的拉，率和少数交换模拟的时间， JI 方法的预言能来临到实验。这些结果建议 JI 方法为重建是更适当的用从实验拿的数据的免费精力风景，自从在实验使用的拉的率，经常比在 SMD 模拟的那些慢是大部分。而且，因为它在 SMD 模拟产出更低的吝啬的价值和工作分发的更狭窄的带宽，我们证明更高的装载僵硬能生产精力风景的计算的更高的精确。