Applications of the coalescent with recombination in molecular evolution
Miguel Arenas Busto · Dialnet (Universidad de la Rioja) · 2010
La teoria de la coalescencia describe la probabilidad de diferentes historias genealogicas de una muestra de genes evolucionados bajo un modelo neutras de Wright- Fisher. Las simulaciones realizadas mediante el coalescente son comunmente usados en genetica para testar hipotesis evolutivas o estimar parametros. ES importante que el modelo de simulacion sea lo mas elastico posible. En esta tesis se ha desarrollado una herramienta basada en el coalescente para simular secuencias doficantes y nocodificantes de DNA en presencia de reombinacion, demografia, migracion, seleccion y todo ello bajo dversos modelos evolutivos. Estas herramientas han sido pimplementadas en los programas Recodon y Netrecodon. Ademas se ha demostrado que la recombinacion no sesga las estimas de la adaptacion molecular a nivel global, aunque si a nivel local (codones). Tambien se ha demostrado que la recombinacion introduce un error en la reconstruccion de seuencias ancestrales, aunque este error se puede reducir ligeramente si los puntos de corte son considerados. Las clases teoricas de caracterizacion de redes filogeneticas son insuficientes. Se ha desarrollado un nuevo metodo para coestimar recombinacion, seleccion y sustitucion basado en Approximate Baysic Computation. El trabajo ha sido publicado en Genetics (2 articulos), MBE, BMC, Bioinformatics y Retrovirology.