System to store DNA physical properties profiles with application to the promoters of Escherichia coli
Eugenia Andreevna Temlyakova, Timur Dzhelyadin, Svetlana Grigor'evnu Kamzolova, Anatoly Sorokin · Computer Research and Modeling · 2013
Получено 21 декабря 2012 г., после доработки 25 июня 2013 г.В данной работе нами представлена база данных, спроектированная для хранения профилей физических свойств вдоль двойной спирали ДНК, и продемонстрировано ее использование для хранения, поиска и анализа промоторных последовательностей E. coli.Отличительным свойством предложенной базы данных является то, что весь профиль хранится как единый объект, который с точки зрения СУБД полностью подобен строке или числу.Такие объекты СУБД может сравнивать друг с другом и осуществлять быструю выборку на основании индексов.В базу данных загружена информация о 1227 известных промоторах.Для каждого промотора сохранена нуклеотидная последовательность, а также вычислен и загружен в базу профиль электростатического потенциала промоторной ДНК.Кроме того, каждый промотор связан с генами, транскипцию которых он регулирует, а также с записями о сайтах посадки транскрипционных факторов, влияющих на функционирование промотора.Организован доступ к базе данных через интернет; исходные коды доступны для скачивания, а содержимое базы данных может быть выслано авторами по запросу.