Calculation of dissociation constants using triangulation methods
Jaroslav Oľha · 2012
Jednou z veľkých výziev sucasneho chemoinformatickeho výskumu je zisťovanie disociacnej konstanty (pKa) molekul. Hodnoty pKa su veľmi zaujimave pre rozne odvetvia výskumu a predovsetkým pre oblasť vývoja liekov - hodnota pKa molekuly je napriklad jedným z kriterii, ktore nam umožnia vyradiť nevhodnu molekulu zo zoznamu potencialnych liekov. Avsak experimentalne meranie disociacnej konstanty je komplikovane a výpocetne metody pre jej ziskanie su netrivialne narocne. Efektivnou alternativou je odhad pKa pomocou hodnot parcialnych nabojov na atomoch v molekule. To može byť dosiahnute s použitim roznych matematických a informatických metod. A jedna taka metoda využivajuca Delaunayho triangulaciu bola navrhnuta a implementovana v tejto praci. Casť prace tvori aplikacia ukazujuca efektivitu tejto metody, ktora sa ukazala byť znacna. Metoda bola otestovana na niekoľkých datasetoch molekul obsahujucich fenoly a/alebo benzoove kyseliny a vo vacsine pripadov zaznamenala pomerne vysoku presnosť pri predikovani ich pKa. Jej výsledky tiež boli porovnane s výsledkami metody použivajucej linearnu regresiu na predikciu pKa podobneho datasetu.