In silico modeling of chemical and biological interactions at different scales
Padmaja Kamath · LA Referencia (Red Federada de Repositorios Institucionales de Publicaciones Científicas) · 2016
En les últimes dècades, molts països han imposat regulacions sobre els efectes potencials de les substàncies químiques envers la salut humana i els criteris mediambientals. A més a més, tenint en compte el temps necessari per a les proves d’avaluació dels efectes de gran nombre de productes químics i el seu cost ha produït un ràpid augment en el nombre de models computacionals, que relacionen l'estructura de les substàncies químiques amb la seva activitat biològica. Actualment existeixen els models de relació estructura-activitat (SAR) per a productes químics, utilitzant un enfocament similar s’ha desenvolupat un nou model i generat conjunts d'alertes metabòliques que es puguin utilitzar juntament amb els mètodes Q(SAR). Aquest treball presenta regles SAR per a la predicció de mutagenicitat in vitro, juntament amb alertes metabòliques per a la predicció in vivo. Permetent, obtenir una idea preliminar sobre si un producte químic exhibeix el mateix comportament mutagènic in vitro i in vivo. Entre els compostos químics, les nanopartícules, també s'estan utilitzant cada cop més a través de diferents classes de productes usats pels consumidors. En un context fisiològic, la corona de les proteïnes constitueix la interfície entre les nanopartícules i les cèl·lules. En aquest treball, s'han utilitzat les propietats fisicoquímiques de la corona de les proteïnes per tal de desenvolupar un model capaç de predir l'associació cel·lular. Finalment, aquesta tesi es centra en el tema de la resistència als fàrmacs en els bacteris, que s'ha convertit en un assumpte d'interès global. Amb l'augment de la resistència dels bacteris als antibiòtics, és important disposar d'informació sobre la resposta que les noves proteïnes bacterianes tindrien sobre els antibiòtics actualment disponibles. Pel qual, en aquest treball s'ha desenvolupat un mètode d'alineació lliure per millorar la classificació en perfils de resistència de les proteïnes bacterianes, en base a les seves propietats fisicoquímiques.