Linked biology = from phenotypes towards phylogenetic trees
Eduardo de Paula Miranda, André Santanchè · 2013
Um grande numero de estudos em biologia, incluindo os que envolvem a reconstrucao de arvores filogeneticas, resultam na producao de uma enorme quantidade de dados -- por exemplo, descricoes fenotipicas , matrizes de dados morfologicos , arvores filogeneticas, etc. Biologos enfrentam cada vez mais o desafio e a oportunidade de efetivamente descobrir conhecimento a partir do cruzamento e comparacao de varios conjuntos de dados, nem sempre conectados e integrados. Neste trabalho, estamos interessados em um contexto especifico da biologia em que biologos aplicam ferramentas computacionais para construir e compartilhar descricoes digitais dos seres vivos. Nos propomos um processo que parte de fontes de dados fragmentadas, que nos mapeamos para grafos, em direcao a uma plena integracao das descricoes atraves de ontologias. Os bancos de dados de grafos intermediam o processo de evolucao. Eles sao menos dependentes de esquema e, uma vez que ontologias tambem sao grafos, o processo de mapeamento do grafo inicial para uma ontologia torna-se uma sequencia de transformacoes no grafo. Nossa motivacao parte da ideia de que a conversao de descricoes fenotipicas em uma rede de relacoes e a busca de conexoes entre elementos relacionados ira aumentar a capacidade de resolver problemas mais complexos suportados por computadores. Este trabalho detalha os principios de concepcao por tras do nosso processo e duas implementacoes praticas como prova de conceito. Abstract