Computational detection of natural selection in gene family expansion and contraction.
Chi Nguyen, Nello Cristianimi · Journal of Computer Science and Cybernetics · 2012
Researchers have generally attributed ostensibly large differences in family size to the effects of natural selection in promoting either the expansion or contraction of families along specific lineages, without a strong statistical basis.Here we use a model of stochastic birth and death for mapping gene family evolution onto a phylogeny, and show that it can be efficiently applied to multispecies comparisons.The model offers the opportunity for researchers to make stronger inferences regarding the role of natural selection and changing duplication and deletion rates in gene family expansion or contraction.The work is performed as a part of the first author's MS thesis under the second author's supervision.Tóm tȃ ´t.Thông thu .ò. ng các nhà nghiên cú .u gȃ ´n su . .khác nhau ló .n theo ve ' bê `ngoài cu ' a kích cõ .gia dình vó .i su . .a 'nh hu .o .' ng cu ' a viê .c lu . .a cho .n tu . .nhiên trong quá trình thúc dâ ' y su . .mo .' rô .ng hay thu he .p cu 'a gia dình trong nhũ .ng thê ´hê .sau mà không du . .a trên mô .t co .so .' thô ´ng kê chȃ ´c chȃ ´n.Trong bài báo này, chúng tôi su .' du .ng mô .t mô hình thô ´ng kê sinh-tu .' dê ' ánh xa .su . .tiê ´n hoá cu 'a các ho .gien tó .i mô .t cây phân loài, và chı ' ra rȃ `ng mô hình này có thê ' du .o . .c áp du .ng mô .t cách có hiê .u qua ' cho su . .so sánh da loài.Mô hình du .a ra mô .t co .hô .i cho các nhà nghiên cú .u thu . .c hiê .n nhũ .ng suy diê ˜n chính xác ho .n liên quan tó .i vai trò cu 'a su . .lu . .a cho .n tu . .nhiên và tô ´c dô .nhân dôi hay loa .i bo ' trong su . .mo .' rô .ng và thu he .p ho .gien.Kê ´t qua ' nghiên cú .u này là mô .t phâ `n trong luâ .n vȃn tha .c sỹ cu 'a tác gia ' thú .nhâ ´t du .ó. i su .. hu .ó. ng dâ ˜n cu 'a tác gia ' thú .hai.